A eletroforese capilar (EC) é uma técnica de separação analítica que possui a grande vantagem de ser compatível com os conceitos de química verde, sendo capaz de separar vários analitos de origem biológica como ácidos nucleicos, proteínas, carboidratos, lipídeos e metabólitos secundários. Esta técnica é ainda mais complexa do que a cromatografia liquida de alta eficiência (CLAE). Os fundamentos da EC baseiam-se na aplicação de uma diferença de potencial entre dois eletrodos em uma solução iônica que provoca o transporte de corrente elétrica realizada por meio dos íons formados.

A técnica de eletroforese capilar baseia-se, então, no conceito de mobilidade iônica (eletroforética) e na produção de um fluxo eletrosmótico que é mantido através da interação de um eletrólito (Eletrólito de Fundo - EF) com a diferença de potencial aplicada nos eletrodos (e ao longo de todo capilar) e também com superfície de carga formada no interior do capilar. Este fluxo deve ser capaz de promover uma migração adequada dos analitos até o detector em um determinado tempo. O sinal gerado no detector é plotado sob forma de eletroferograma (gráfico de tempo versus intensidade dos componentes de uma mistura separados por eletroforese em um meio de suporte, neste caso, o capilar de sílica fundida).