A eletroforese em gel é uma técnica usada para separar fragmentos de DNA de acordo com seu tamanho. As amostras de DNA são carregadas nos poços (cavidades) localizados numa das extremidades de um gel, e uma corrente elétrica é aplicada para fazê-las avançar pelo gel.

Os fragmentos DNA estão carregados negativamente, então movem-se na direção do eletrodo positivo. Já que todos os fragmentos de DNA têm a mesma quantidade de carga por massa, os fragmentos menores atravessam o gel mais rapidamente do que os maiores. Quando a amostra é carregada com um corante que se liga ao DNA, os fragmentos de DNA podem ser vistos como bandas, cada uma representando um grupo de fragmentos de DNA de mesmo tamanho.